1958年5月，上海石油普查大队成立。从此，在上海地区开始了全面的基础地质与以普查石油、天然气为主的矿产地质调查。1959年5月，国务院批准将上海石油普查大队改建为上海市人民委员会地质处。1960年6月，又扩建为上海市地质勘察局。

    1962年4月，为贯彻“调整、巩固、充实、提高”方针和地质部厅（局）长会议的决定，撤销上海市地质勘察局，成立地质部水文地质工程第二大队，其任务主要是调查研究控制上海市地面沉降。

    1971年3月，贯彻国家计委地质局“机构下放”的精神，地质部水文地质工程地质第二大队改为上海市水文地质大队，实行双重领导，以上海为主。1978年6月，上海市水文地质大队易名为上海市地质处。1980年2月，国家经委通知上海，改上海市地质处的体制为以地质部为主的双重领导。1983年1月，地质部经国务院批准将上海市地质处改建为上海经济区地质中心，除承担上海市地质工作外，还负责规划、协调地质部在上海经济区范围的各省地质局的各项地质工作，实行地质部和上海市双重领导、以地质部为主的体制，同时接受上海经济区规划办公室指导。 1986年11月，地矿部与上海市人民政府研究决定，上海经济区地质中心同时使用上海地质矿产局名称，是上海市人民政府管理地质工作的职能部门，领导体制不变。1990年经上海市编制委员会同意，改上海地质矿产局为上海市地质矿产局。 1994年在原水文地质大队的基础上组建上海市岩土地质研究院，1999年与上海地矿工程勘察院合并，2002年改名为上海市岩土地质研究院有限公司。